一、护照在日本丢失，办理程序分两种情况：
1.第一时间与领事馆取得联系并携带本人护照及签证复印件去中国使领馆,申请挂失办理，大概办理费需要两至三个月。中国领馆会给学生出示一张临时身份证明纸，短期内使用。等到护照办理完毕后，再补贴签证。
2.也可以将中华人民共和国驻外使领馆出具的有关证明在中国户口所在地由家人帮助申请补发护照手续，取得护照后再寄往日本办理补办签证手续。时间可以灵活掌握。
　　
二、如何补办护照
遗失护照后，首先，第一时间携带护照和签证的复印件及以下文件到中国驻日领事馆，申请挂失和补发新护照：
1、警察署出具的证明书
2、登录原票记载事项证明书﹙由所在地区役所或市役所出具、3个月内有效﹚
3、外国人登录证原件及复印件
4、近照2张，相片要求：
5、两张近期正面免冠彩色半身护照用照片﹙光面相纸﹚
1﹚背景颜色为淡蓝色、白色或淡灰色
2﹚清晰，神态自然。不受理黑白照片、经翻拍的照片或采用各种彩色打印机打印的照片
3﹚尺寸要求：30毫米x 40毫米快照机拍的护照用照片，头部宽度为21-24毫米，头部长度为28毫米
4﹚请在照片后面写上本人姓名
6、另纸详细写明丢失经过，内容包括原护照的发照单位、时间、护照号码及出入境等情况
7、填写《中华人民共和国护照/旅行证/海员证/回国证明申请表》
注意：
1、自申请之日起，三个月之后可到领事馆或电话询问有关办理情况。
2、办完补办护照手续后，经核查，如被批准补发护照，在接到使馆通知后，请持领证单按指定的时间到大使馆领取护照。
3、在补办护照期间，如需使用护照，请申办旅行证。同时大使馆会给学生出示一张临时身份证明纸在短期内使用。等新护照办理下来后再补贴签。
费用：12,000日元